《臺灣文獻匯刊》由九州出版社和廈門大學出版社聯合出版，歷經廈門大學人文學院、福建師範大學閩臺區域研究中心專家學者近十年的努力，廣泛蒐集大陸圖書館、檔案館及民間保存之臺灣歷史文獻資料六百餘部，約一億字。記載內容涵蓋明清及民國初期之私人著述及地方誌書，結合閩臺的古籍、檔案資料、族譜、民間文件和契約四部分共同組成七輯，內容詳實、豐富，極富學術價值。《臺灣文獻叢刊》中所未能收錄的古籍，含大量孤本、稿本甚至珍本，完整輯錄體現臺灣與中國大陸淵源之檔案資料，並選編記載兩岸血緣關係的族譜。《臺灣文獻匯刊》和《臺灣文獻叢刊》相互補充，這兩套文獻堪稱迄今為止研究臺灣歷史文化最基本且最重要的資料。
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